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对日本的战事刚刚结束不久，战时状态还没有宣布结束，正好又掀起开拓南洋的战事。这次战争是由郑芝龙的势力作为主力，明朝官方只是提供钱粮和武器，而且这是朝廷早就给郑氏安排的出路，很早就已经准备搜集南洋的情报。
并且南居益明确提醒和要求郑芝龙整合内部势力，不能像原来那样只是盟主，必须按明朝军制建立起明确的上下级垂直管理关系，所有船只都花钱收购了下来，船长和主力人物都是郑芝龙派遣直接控制，而不是其他海盗加盟，不乐意了随时可以离开。
不认同这种内部整合的人统统已经排挤掉了，这样虽然使势力有所缩水，但是作战时不会有从内部瓦解的危险。总兵力和东江镇差不多，也有十五万，家属也差不多三十万。大部分生活在福建，也有一部分移民到了台湾。
发动战争之前当然还是要办理相关的政治声明和舆论手续的，不过这次没有派使者，荷兰和西班牙没有对等的官方机关在南洋，还不够外交级别。明朝官方只是发了一份檄文式声明，重提了万历年间屠杀明朝籍汉人的事情，邸报和宣化司也进行了一波宣传，处置了当年渎职的官员，接下来先头部队出来五万人正式打开。
明朝官方虽然没有拿出最高配置的武器，北京、辽东、芜湖、南京四大官营军工基地全力开动，各个军备仓库也开始了清库存，通过海路运输源源不断运往南方。这次不仅是海战，也有一些登录作战，因此手榴弹（击贼神机石榴炮）大量准备和新造，也制作了小型的类似“泼喜军”式的一次投掷几百枚的投石机和低配版的连弩作为登陆后的陆战装备。
荷兰人和西班牙人战斗力比日本人强一些，但是也不会是全力开动的明朝国家机器的对手，就是步步为营，绝不冒险，用数量的装备优势碾压，俞大猷的《正气堂集》里就说过“海上之战无他术，大船胜小船，大铳胜小铳，多船胜寡船，多铳胜寡铳而已”，这个思想和近现代海战没有差别。就用这种办法，一个岛一个岛攻击，损失多少船只补充多少，消耗多少武器弹药就补充多少，攻击部队始终保持满员，后续增兵留驻各岛。
只不过这次要攻击的目标比较多，不是只有鹿儿岛和奄美群岛，所以这次战事前后持续了整整三年才拿下了南洋要地。为此还另外新开了登莱、福州和陕西三个大型军工生产基地。随着邸报战事跟踪报道，泗水、文莱、巴邻旁（巨港）、麻六甲、雅加达一个个沈飞在《大航海时代4》里见过的港口被明军控制。
接下来就是法律上派遣官员调查当年屠杀明籍汉人的凶手，审判罪行，高级头目判死罪，普通士兵除了少数罪恶深重的判处年代不等的劳役，当然还有一部分参与的土着也一并处理。在战争中俘虏了一部分欧洲形制的战船和工匠，由军工司接手参与研发制造新型舰船。接下来还是和日本一样的经济殖民操作，总结战争经验、宣传工作跟进，南洋地区的贸易彻底纳入明朝官方的管制之下。
郑芝龙按照承诺被封为拓南侯，官邸放在台湾，也方便和郑成功见面。明朝官方和郑芝龙分别出资60%和40%组建南洋开发商行，集海上贸易和军事安保于一体，安排一部分退伍军人，享受半税待遇。为了增加出口贸易，王徵改进了织布机，飞梭织布机比起以前的织布机只不过加几个滑轮组的事，技术上没有难度，加上收回的海关权利，每年大概能增加两千万两白银的财政收入，以后出口商品增加了还会更多。
这三年的事情也不只是战争，《崇祯历书》的编纂进度已经达到了七成，新来到明朝的那些欧洲传教士已经精通中文并且学习了儒学经典和其他相关的中国学问，有了伽里略、笛卡尔和“天空立法者”开普勒三个欧洲大佬的参与和帮助，《崇祯历书》的内容比历史上丰富了许多，这也是到现在还没有编写完成的原因。
李天经、薛凤祚这些明朝本土天文学者都已经调入了编写工作组，成为了格理院翰林学士，天文学水平也在这个过程中提高了一大截，只是王锡阐还是一个儿童，没有成长起来。揭暄也是朝廷的暗中牵线之下已经成了方以智的学生，同时在国子监军校学习军事，按照历史上他涉猎的专业已经全面培养。
当然这些发展和沈飞本人关系不大，沈飞还是希望综合更多的医药学高手改进完善自己手里的几张药方，在傅山妻子陷入重病，其他医生久治无效时，沈飞去了一趟出手治愈了他的妻子，之后亮明了身份要求他“转专业”学医，其他的李中梓、汪昂、张璐也提前找了来先学习一段，等他们医术大成就可以交代他们任务了。
在这三年之中又有一部官方主持着作开始了编写，抽调了全国各地官方和民间大量学者进行，就是中国思想史。原先《宋元学案》黄宗羲只是确定大纲和少量手稿，《明儒学案》只是黄宗羲的个人着作，对于这么重要的思想史着作实在太不像话了。
而且黄宗羲明显是以心学为主体，前期主要人物陈献章就是心学的代表人物，中期的王阳明更是心学的门面人物，也最详细。除了列入王阳明本人的《姚江学案》还有江中王门、江右王门、南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门，倾向性也太明显了。
先秦时纸还没有发明，文献有限，儒学加诸子都算上也没有多少。唐代就整理了儒学经典《五经正义》，主流还宋明理学，从宋初三先生、北宋五子，涉及两宋的濂洛关闽主体理学，加上南方浙东学派永嘉、永康、金华三支，到传承至明代的理气心性四大支流都搜集了原作、找到了传人进行编写。
沈飞看了一下列出的大纲，比起黄宗羲的《明儒学案》，理学和气学的比重极大增加了，并且在论述上与自然科学的联系极大加强，几乎成了研究自然科学的指导理论。这并不奇怪，现在科学院性质的就是翰林院的格理分院，就是以格物穷理名义组建。性理上强调性善论，眼睛可能瞎，耳朵可能聋，可是眼睛耳朵的“性”还是能看到、听到东西。人可能因为各种原因为恶，但是人性还是向善的。有点类似于“历史唯物主义”比如强调环境的对个人的影响，而不是把人的行为原因归于个人本身。
另外建虏余孽总算有了消息了，已经逃到了吐鲁蕃，明朝的哈密卫故地，正处在叶尔羌汗国的统治下。当时叶尔羌汗国的统治者是第二代汗拉失德第九子阿不杜热依的儿子阿不杜拉。
阿不杜热依木争夺叶尔羌汗国的汗位失败以后，在吐鲁番建立了一个政权，不断壮大实力，征服了天山以北，准格尔盆地以东的许多小汗国。
天启七年阿不杜热依木去世，他儿子阿不杜拉率兵出征叶尔羌，再次统一了叶尔羌汗国，领土的广大达到了原先东察合台汗国的规模。但是阿不杜拉野心勃勃，并不满足，又出兵伊犁河谷。
这家伙也是非常点背，他正亲自率领军队在伊犁河谷的巩乃斯草原与准格尔部作战时，阿敏带领一万后金兵正好进入了叶尔羌汗国，知道消息后，趁虚而入，先是奇袭吐鲁番，俘虏了阿仆杜拉的兄弟苏里唐，接着又快速突进塔里木盆地，攻占了叶尔羌。
当初被阿仆杜拉赶下汗位的穆罕默德乘机和阿敏结盟联姻，招阿敏为女婿，宣布推翻阿卜杜拉的汗位。老巢被抄，后路不稳，后勤断绝，消息传到伊犁河谷时，还在前线交战的阿不杜拉军心动摇，被准格尔部打得大败。回军途中又被阿敏设计埋伏，几乎被全歼，阿卜杜拉自杀身亡。
到了这一步叶尔羌汗国实际上被阿敏掌控，他通过和原来的叶尔羌汗国贵族联姻的方式，又成了叶尔羌汗国的继承者。一年半以后，阿济格、多尔衮和多铎三兄弟率领的五千兵力又沿途劫掠了一些蒙古部落和牛羊牲畜赶到了叶尔羌汗国，不过这时阿敏在叶尔羌地位已经稳固，他们是后金败亡以后逃窜出来的，反过来证明阿敏当初说的皇太极把后金带进死地，西逃才能寻求生路的先见之明，自然没有什么话语权，只能仍然奉阿敏为主。
阿敏逃到吐鲁番的消息其实三年前就已经传到了北京，不过当时南洋战役刚刚开始，不可能两线作战开启两场战争。何况当时只知道这么一个消息，吐鲁番地区的具体消息并不知道，就以派锦衣卫校事营混杂在商队中先侦察打探消息为主，后来又知道了阿敏掌握了叶尔羌汗国，之后阿济格和多尔衮、多铎的五千人与阿敏汇合，经过扩军目前的总兵力大约五万。
战争的后勤准备则早就开始，后金覆灭以后，蒙古诸部都吓破了胆，再也不敢和明朝为敌。明朝对察哈尔、科尔沁、喀喇沁、土默特等部落都进行了经济控制，收购羊毛建立起了羊毛纺织产业，建立官营钱庄对牧民提供低息贷款等等。
几年经营下来这一带已经建立起了固定商业路线，在战时可以充当兵站补给点，办法是官方和私人并行，实行开中法让商人收购运送粮食兑换盐引和银票，也可以让各地民兵运送官方库存的粮食，也可以收购大量牛马羊，按当年蒙古骑兵的办法，用牛膀胱当作储粮袋储存牛肉松携带行军，多种手段并行保证战时粮食后勤。
当然长途西征最重要的还是准备充足的淡水，沈飞在《战狼2》世界刷的特战技能里也有在沙漠戈壁里行军作战的内容，虽然特种作战都是小分队，但是把这些推广也能适用于大军活动，沈飞时不时也去国子监军校客串一下讲师，把这些内容结合这个时代编写成了教材散发到了军中，尤其是西征军队已经每一个士兵都记得烂熟。
趁着南洋战事刚刚结束，全国还处在战时状态中。晚打不如早打，准备了足够物资以后，五万军队留守陕西，孙传庭、曹文诏和曹变蛟率领十五万大军出发，现在各军镇都仿照当年戚家军设立了辎重营，装备有大量战车，平时运输粮草和各种武器装备，战时士兵可以随时转成战兵作战，运输车也可以随时变成车营，合并连成车墙作战。
除了最初过来的京营一千骨干，这些年练兵互相比试时也涌现出一大批人才，有不少都是历史上流寇中大名鼎鼎的人物，李自成、李过叔侄、高杰、袁宗第、刘芳亮、郝摇旗、刘体纯、田见秀、马守应、罗汝才、张献忠都在其中，有些文化的刘国能还成了军宣使，年纪太大的高迎祥作为家属留守了，还是小孩的张献忠收养的几个义子也留守学习。